Da Alone in the Dark: The New Nightmare sono stati rimossi o modificati alcune livelli. Alcuni di questi sono ancora accessibili tramite la cheat mode, altri sono archiviati tra i file di gioco, infine per altri ancora è necessario utilizzare uno dei prototipi del gioco.
The New Nightmare[]
| Livello 102: Ingresso
(ENG: Lobby, FR: Hall) Dall'ingresso principale della villa dei Morton sono state rimosse due schermate della terrazza al piano superiore. Sono archiviate nei file di gioco, tuttavia compaiono nella versione per GameBoy Color. | |
 | Livello 115b: Tetto Est
(ENG: East Rooftopc, FR: Toits b) Il livello è stato scartato dal gioco completo, si tratta di un passaggio attraverso il tetto della villa dei Morton che, dalla stanza dove Aline incontra per la prima volta lo spirito di De Certo, riporta al livello 115a: Tetto Est e da lì alla camera da letto di Lucy Morton. |
| Livello 116: Attico Ovest
(ENG: West Attic, FR: Grenier: Pièce 1) Il livello è presente nel gioco completo, tuttavia tra i file di sistema è ancora possibile trovare gli sfondi scartati della prima versione. Alcuni di questi sono stati utilizzati nella versione del gioco per GameBoy Color.
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| Livello 117b: Attico Est
(ENG: East Attic, FR: Grenier pièce 2bis) Il livello è presente nel gioco completo, tuttavia tra i file di sistema è ancora possibile trovare alcuni sfondi scartati della prima versione che suggeriscono una diversa posizione per la botola da sfondare con il piede di porco.
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| Livello 117c: Attico Est
(ENG: East Attic, FR: Grenier pièce 3) Il livello è presente nel gioco completo, tuttavia tra i file di sistema è ancora possibile trovare gli sfondi scartati della prima versione nei quali è visibile un passaggio segreto.
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| Livello 127: Tubazioni
(ENG: Pipeworks, FR: Canalisation entre la citerne et la cave) Dalla cloaca sotto la villa è stata rimossa una schermata panoramica, inoltre sull'acqua avrebbero dovuto galleggiare resti umani delle vittime del Phocomelus e nel gioco completo non è visibile il movimento dell'acqua che avrebbe seguito Carnby facendo presagire la presenza della creatura.
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 | Livello 205: Cisterna
(ENG: Water Tank, FR: Jardin de la citerne) Si tratta della versione scartata del livello 205b: Cisterna nella quale vi è una piazzola molto più ampia per accedere al pozzo della cloaca.
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 | Livello 206: Terrazza
(ENG: Terrace, FR: Jardin de la terrasse) Si tratta della versione scartata del livello 206b: Terrazza.
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 | Livello 210: Giardino Est 1
(ENG: East Garden 1, FR: Jardin Est 1) Si tratta della prima versione del livello 210: Giardino Est 2, vi è uno spiazzo molto ampio con una statua nel centro. Alcune schermate rimosse dal gioco completo sono state utilizzate nella versione per GameBoy Color.
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| Livello 306: Terr. Roccioso
(ENG: Rocky Terrain, FR: Le chaos rocheux) Il livello non è accessibile nel gioco completo tuttavia lo è nella build datata 21 Gennaio 2001 solamente per Aline. Gli sfondi sono ancora presenti tra i file di sistema. Si tratta presumibilmente della prima versione del livello 302: Giardini Greenhouse, il passaggio che dall'esterno della serra conduce sino al cimitero di Shadow Island dove Aline viene inseguita dall'Hybrid Elder.
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| Livello 309: Granaio
(ENG: Barn, FR: Grange) Il livello, rimosso da ogni versione, sarebbe stato esclusivo per Carnby che l'avrebbe attraversato per raggiungere il livello 310: Valle. Presumibilmente è stato sostituito dall'idrovolante.
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| Livello 403: Officina
(ENG: Workshop, FR: Atelier Jeremy Morton) Dal livello è stata rimossa un'indovina a gettoni dal nome Madame Irma, sulla quale si sarebbe dovuto utilizzare il relativo gettone, al posto della quale nel gioco intero è stata introdotta una fonderia utile a creare la canna del perforatore. Inoltre nei file di gioco è presente il modello 3D di un braccio sinistro mozzato, presumibilmente quello dell'Uomo mutilato.
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| Livello 503: Laboratorio
(ENG: Laboratory, FR: Laboratoire d'Alan) Inizialmente, nel livello, sarebbe dovuta esserci una passerella sopraelevata inoltre l'incontro tra Edward e Alan sarebbe stato reso attraverso una cinematica mentre nel gioco completo si tratta di una sequenza ingame.
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 | Livello 601:
(FR: Des oubliettes du fort au pied de l'escalier/Puit après les oubliettes.) Il livello sarebbe stato attraversato da Aline subito dopo aver abbattuto la parete del forte con il perforatore, nel livello 410: Prigione Sotterranea. Si trattava semplicemente di una lunga scalinata che conduceva ai tunnel sotto il forte ed al livello 608: Torrente
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| Livello 609: Fiume sotterraneo
(ENG: Dry river, FR: La rivière souterraine asséchée (suite de 601)/La rivière souterra) Il livello è accessibile, solamente per Aline, attraverso qualsiasi versione di gioco con accesso alla cheat mode. Si tratta di un lungo tunnel sotterraneo popolato da alcuni Ophtalmicid che si sarebbe raggiunto dopo il livello 608: Torrente e avrebbe condotto al 603: Pozzo crollato.
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| Livello 809: Caverna C
(ENG: Cavern C, FR: Caverne d'Archibald) Il livello non è accessibile nel gioco completo tuttavia lo è nella build datata 21 Gennaio 2001 solamente per Carnby. Gli sfondi sono ancora presenti tra i file di sistema. È la versione scartata del livello 809b: Caverna C, ha luogo nel Mondo dell'Oscurità e permette di visitare un nascondiglio artificiale all'interno di un cunicolo, al termine del quale vi è il cadavere di Archibald Morton.
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| Livello 818: Abisso
(ENG: Abyss, FR: Caverne du gouffre) Il livello è accessibile tramite la build di gioco datata 21 Gennaio 2001, solamente per Aline, mentre gli sfondi sono ancora presenti nei file di sistema di tutte le versioni di gioco. Si tratta di un'area di raccordo costruitoa su due piani accessibili da diversi livelli. Presso il piano superiore è presente una sorta di pozzo pieno d'acqua che può essere svuotato e, nel file di Carnby, vi sono i modelli 3D di due grosse rocce interagibili, presumibilmente da spingere. Benché nel prototipo di gioco per PlayStation il piano superiore colleghi i livelli 819: Caverna lava e 816: Tunnel urlante, nei documenti di sviluppo è riportato che Aline avrebbe raggiunto il piano superiore dal livello 824: Caverna B per poi uscire nell'822: Cornicione D. Il piano inferiore, invece, collega i livelli rimossi 836: Tunnel D e 833: Tunnel C; passando per quest'ultimo Aline avrebbe raggiunto l'area inferiore dopo aver recuperato la statuetta Abkanis di Hecatonchires.
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| Livello 821: Nascondiglio
(ENG: Den, FR: Caverne de la tanière) Il livello è accessibile tramite la build di gioco datata 21 Gennaio 2001, solamente per Aline, mentre gli sfondi sono ancora presenti nei file di sistema di tutte le versioni di gioco. Si tratta di un cunicolo del mondo dell'oscurità non collegato ad altri livelli, non viene menzionato in alcun documento di produzione del gioco quindi è probabile che la sua rimozione sia stata decisa prima del 2001; l'ambiente sembra suggerire che l'uscita fosse originariamente collegata con il livello 819: Caverna lava. Nel prototipo per PlayStation vi è presente Alanshad nell'area, tuttavia è probabile che si tratti di un semplice placeholder per un'altra creatura rimossa dal gioco.
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| Livello 823: Tunnel Abkanis
(ENG: Abkanis Tunnel, FR: Tunnel du photodonte) Il livello è accessibile in tutte le versioni di gioco con accesso alla cheat mode, solamente con Aline. Si tratta di un corridoio con due nicchie laterali nel mondo dell'oscurità. Nell'area vi è Alanshad tuttavia, come nel livello 821, è probabile che la presenza del boss sia un semplice placeholder per un altro nemico, presumibilmente il Photodonte considerando l'originale nome del livello.
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| Livello 828: Scogliera
(ENG: Cliff, FR: Mur d'escalade vers la statuette) Il livello era accessibile solamente per Aline e collegato all'813: Cornicione C. Come testimoniato da alcuni file audio rimossi e come riportato dai documenti di sviluppo, dopo il filmato nel quale Alan Morton viene trascinato nell'oscurità da Obedshad, Aline avrebbe individuato la statuetta di Hecatonchires caduta ad Alan, sul bordo dello strapiombo. Con l'aiuto di Carnby, il quale l'avrebbe anche protetta affrontando alcune orde di Ophtalmicid, si sarebbe quindi calata lungo la parete scalabile sino a raggiungere la statuetta per poi trovarsi costretta a procedere verso la tomba Abkanis, nell'impossibilità di tornare indietro. Le schermate finali di questo livello sono state quindi integrate all'813, tagliando l'intera scalata di Aline e lo scontro a tempo di Carnby contro gli Ophtalmicid.
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| Livello 833: Tunnel C
(ENG: Tunnel C, FR: Tunnel entre la tombe Abkanis et la caverne/Tunnel de l’Ademone.) Il livello è accessibile solamente con Aline in tutte le versioni di gioco con accesso alla cheat mode. Si tratta di un tunnel nel mondo dell'oscurità nel quale vi sono due Night Ripper; originariamente vi si accedeva l'832: Tomba Abkanis e permetteva di raggiungere il piano inferiore del livello 818: Abisso. Nel gioco completo è stato sostituito dal livello 805: Grotta nebbia che originariamente era parte della partita di Carnby (ed è infatti ancora accessibile da quest'ultimo).
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| Livello 836: Tunnel D
(ENG: Tunnel D, FR: Tunnel du niveau inférieur de la caverne/Tunnel vers la caverne des photophobes) Il livello non è accessibile nel gioco completo tuttavia lo è nella build datata 21 Gennaio 2001 solamente per Aline. Gli sfondi sono ancora presenti tra i file di sistema. Si tratta di un'enorme caverna con tre porte, tutte collegate ai tunnel del piano inferiore del livello 818: Abisso ed una parete scalabile che conduce ad un'altra uscita. Secondo i documenti di sviluppo, dopo aver recuperato la statuetta Abkanis di Hecatonchires, Aline avrebbe attraversato il livello 833: Tunnel C e avrebbe raggiunto la zona inferiore del livello 818: Abisso per poi entrare in uno dei tre passaggi che conducono al Tunnel D. Infine avrebbe scalato una parete per fare ritorno al livello 824: Caverna B. Nel prototipo per PlayStation è presente il boss Obedshad nella caverna, tuttavia è probabile che si tratti di un semplice placeholder per un altro nemico scartato dal gioco.
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| Livello 839: Cappella Abkanis
(ENG: Abkanis Chapel, FR: Nécropole Abkanis chapelle)
Il livello non è accessibile nel gioco completo tuttavia lo è nella build datata 21 Gennaio 2001 solamente per Aline mentre gli sfondi sono ancora presenti tra i file di sistema. Si tratta di una piccola caverna decorata con iscrizioni e dei totem Abkanis oltre a diversi cadaveri indiani, presumibilmente posta nei pressi del livello 826: Necropoli Abkanis. All'interno era presente una fonte indiana che avrebbe consentito di recuperare salute per quattro utilizzi.
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| Livello 903: Tempio
(ENG: Temple, FR: Temple d'Hécatonchires)
Dal livello è stata rimossa un'inquadratura panoramica; inoltre inizialmente era previsto che utilizzando la piramide di pietra sull'altare di Hecantonchires, si sarebbe ottenuto un amuleto di protezione anche se il filmato (il cui finale è stato tagliato nella versione definitiva) mostra un amuleto di salvataggio.
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